Moin,
also die Windows-Routine hat deine externe Festplatte, zumindest teilweise, formatiert, hab ich das richtig kapiert? Mir ist mal sowas ähnliches passiert: da wurden ein paar kb wichtige Infos zerschossen und schon konnte Windows nix mehr mit der Festplatte anfangen. Ich hab sie dann einfach ans MacBook gehängt und tata, alle Daten waren lesbar. 
Muss bei dir natürlich nicht genau so einfach sein, aber verloren sind deine Daten nicht zwingend.
Versuch am besten mal TestDisk
Ansonsten kann ich dir nur diesen Thread empfehlen, da steht echt viel nützliches drin: http://forum.chip.de/datensicherung…men-730944.html
Viel Glück! 
